Переустанавливать из-за 1 неудаляемого файла ничего не придется. А можно поподробнее: что это за файл? Какое у него название и у папочки, в которой он лежит? Какую именно программу вы пытались удалить, что после неё остался этот файл? И как удаляли: через "Установку и удаление" или вручную? Какая у вас операционная система? Всё это немаловажные вопросы, которые могут помочь в решении вашей проблемы.
То, что папочка стала синей - ничего страшного. Значит Windows её заархивировала для экономии места. Щелкните по этой папочке, а потом и по файлу правой кнопкой мышки и выберите "Свойства". Рядом со словом "Атрибуты" нажмите кнопку "Другие" и снимите галочку "Сжимать содержимое для экономии места на диске". Синева с него уйдет.
Теперь о проверке диска: вы галочки устанавливали: "Автоматически исправлять системные ошибки" и "Проверять и восстанавливать поврежденные сектора", когда проверку запускали?
Если не получается запустить проверку таким образом, как описано выше: нажмите Пуск - Выполнить, введите с поле на английском языке слово "cmd" (без кавычек) и нажмите на клавиатуре Enter. Откроется черное страшное окошко, в нем напечатайте (стирать там ничего не надо, просто печатайте на английском): chkdsk /f
Обратите внимание, что между chkdsk и /f есть пробел. Как напечатаете это, нажмите Enter. Система спросит, сделать ли проверку при перезагрузке. Напечатайте Y. Компьютер надо будет перезагрузить, и при следующей загрузке он должен выдать вам синий экран с результатами проверки. Нужно будет подождать несколько минут, пока диск проверится. Ошибки, если они есть на диске, исправятся автоматически.
Ну и конечно, делайте резервные копии важной информации. Тогда вам ни переустановка системы, ни поломка диска будет не страшна.